Τα τμήματα υποδομής ποδοσφαίρου της ΑΕΛ φιλοξενούνται, μέχρι την κατασκευή ιδιόκτητων εγκαταστάσεων του Σωματείου, σε ενοικιαζόμενες και παραχωρούμενες γηπεδικές εγκαταστάσεις. Για τη σεζόν 2013-2014 τα τμήματα της ακαδημίας ποδοσφαίρου της Α.Ε.Λ. προπονούνται:
1) Στο Αθλητικό Κέντρο “Γεώργιος Μητσιμπόνας” (οι γεννηθέντες τα έτη 1998-’99 καθώς και οι προπονήσεις των τερματοφυλάκων).
2) Στο Αθλητικό Κέντρο Βιολογικού (οι γεννηθέντες τα έτη 2000 και 2001).
3) Στο Αθλητικό Κέντρο “ΙΚΑΡΟΣ”, όπισθεν περιφερειακής οδού Τρικάλων {(είσοδος Τρικάλων παλαιά σχολή Καραβάνα, είσοδος Καρδίτσης από Νέο Κοιμητήριο) (οι γεννηθέντες τα έτη 2000-2001-2002-2003-2004-2005-2006-2007 και 2008)}. Στον “ΙΚΑΡΟ” πραγματοποιούνται επίσης οι προπονήσεις ατομικής βελτίωσης (τεχνική-τακτική) καθώς και οι προπονήσεις ενδυνάμωσης και φυσικής κατάστασης των αθλητών της ΑΕΛ οι οποίες εντάσσονται στο προπονητικό πρόγραμμα της ομάδας.